Neuigkeiten

Bild "Aktuelles:MS_ISD.jpg"
Sequenzierung ganzer Proteine



2019
  • Alle Internet-Seiten umgestellt
    Alle Internet-Seiten des Gerätezentrums wurden auf eine sichere Verbindung (SSL) umgestellt. Sollten Links nicht mehr funktionieren, einfach mal den Link mit "https" statt "http" ausprobieren.




2018

  • Bild "Gerätepool:Qtrap.jpg"Neues MS- Gerät ab sofort im Einsatz.
    Ab sofort steht ein neues MS Gerät (Qtrap 5500 von AbiSciex, beschafft von der Abteilung Ökologie) für Quantifizierungen allen zur Verfügung.
    Bei Bedarf bitte melden....


  • WICHTIG: Proteinscape, das Datenbank-basierte Auswerteprogramm soll in naher Zukunft durch ein Alternativprogramm abgelöst werden (Dank Unterstützung des SFBs). Die erste Testphasen laufen bereits auf neuer Hardware. In Kürze mehr.....

  • WICHTIG: Die Methode zum Verdau für Gesamtproteine-Gemische wurde erheblich optimiert und ist im Methoden-Wizard neu hinterlegt. Wir bitten um Beachtung!

  • Ab sofort kann die Probenvorbereitung zum Selbstkostenpreis in Auftrag gegeben werden. Bei Bedarf einfach melden.


2017
  • Es wurde eine neue, 75cm lange PepMap-Säule beschafft, um nochmals deutlich mehr Peptide/Proteine als bisher nachzuweisen.
    Vergleichsmessung mit 0,5 µg Hefeproteom ergab:
    Säulenlänge Gradientendauer       15cm 2h 15cm 3h 50cm 3h   75cm 3h
    Proteine mit mehr als 1 Peptid 1470 2163 2427 2740
    Proteine mit mehr als 2 Peptide 979 1443 1703 2073
    Proteine mit mehr als 3 Peptide 714 1033 1318 1637
    Sequence Cover Enolase 21% 53% 70% 78%
    "Meiste Peptide" Hit 41 51 60 67

  • Die NUTZUNGSORDNUNG FÜR DAS GERÄTEZENTRUM MASSENSPEKTROMETRIE
    - wurde beschlossen in der 123. Sitzung des Fachbereichsrats des Fachbereichs Biologie/Chemie am 05.07.2017,
    - wurde genehmigt in der 261. Sitzung des Präsidiums am 31.08.2017
    - und veröffentlicht im AMBl. der Universität Osnabrück Nr. 07/2017 vom 11.10.2017, S. 991
    Download unter Downloads...(wo auch sonst ?)

  • Der Umzug ist abgeschlossen. Es kam wieder im vollem Umfange losgehen.....
    ABER
    - Alle Computernamen müssen nun mit dem Suffix ".cellnanos.uni-osnabrueck.de" erweitert werden
    - Alle Nutzerkonten müssen vor Ort  erneut angelegt werden. Ansonsten ist kein Zugriff auf die Rohdaten möglich
    - Die Internetseiten  sind nun unter www.massenspektrometrie.uni-osnabrueck.de zu erreichen.


2016
  • Neue Hard- und Software des Mascot-Server: Die Software wurde von Version 2.4 auf 2.6 (mit einigen neuen Features  siehe hier) getauscht. Die Erreichbarkeit ist mit "http://msp-mascot/mascot" (im Intranet der Biologie) gleich geblieben.
    Die Hardware wurde ebenfalls erneuert, sodass, nach ersten Messungen, die Suchen nun deutlich weniger als die Hälfte der Zeit dauern.

  • ACHTUNG: NCBInr is dead, long live NCBIprot ...
    Die Datenbank NCBInr wird nicht länger unterstützt,. Die Alternative NCBIprot (eine Datenbank abgeleitet von Genbank CDS, PDB, Swiss-Prot und PRF) ist mit 60GB sehr groß (aufgrund unzähliger redundanter Einträge), die Installation/Update dauert mehrere Tage, die Suchen ewig. Deshalb ist NCBIprot als auch NCBInr nicht (mehr) auf unserem Server verfügbar.
    Eine Alternative ist UniProt100 mit annähernd gleich vielen Proteinsequenzen (z.Z. 90.000.000 Sequenzen) bei schnellerer Performance.
    Zur Zeit werden EST (expressd sequence tags) DNA-Datenbanken getestet, erkennbar an ihren Namen (z.B. Human_EST). Unter Umständen stellen sie eine weitere, handhabbare Alternative dar.

  • Das neue Massenspektrometer (Q Exactive Plus von ThermoFisher incl nano-HPLC von Dionex) ist nun einsatzfähig und kann genutzt werden.


  • Ab sofort sind HDX (Hydrogen Deuterium Exchange) Experimente möglich. Mit Hilfe dieser tollen Technik können Proteinkonformationen vergleichend (z.B. mit und ohne Ligand, Protein - Protein Wechselwirkungen oder Auswirkungen von Mutationen) analysiert werden.
    Bei Interesse bitte melden.....

  • Es steht eine neue ESI Ionisierungsmethode zur Verfügung. Mit Hilfe dieser Technologie sind Substanzen noch im "ato"-molaren Bereich und mit einer Massengenauigkeit von bis zu 0,02Da nachweisbar. Im Falle von Peptiden können diese winzigsten Mengen, die mit keiner anderen labelfreien Methode überhaupt nachweisbar sind, immer noch eindeutig sequenziert werden.



2015
  • Entwicklung eines Add-On für das Software Packet "DataAnalysis" von Bruker zur Auswertung eines "Performance-Checks" mit Hilfe des 6x5 Peptide Reference Mix von Promega. NEU: Jetzt auch für die 64Bit Version von DA verfügbar. Eine detailierte Beschreibung und Download-Möglichkeit unter ist unter <<SoftwareTools>> zu finden

  • Ab dem Quartal 3 (Juli 2015) werden neue Preise gültig. Ab diesem Zeit nur noch die neuen Proben-Protokolle  verwenden.
    Eine neue Methode zum effizienten Verdau löslicher Proteine in Anwesenheit von Harnstoff wurde in den Methoden-"Wizard" eingefügt.
    Neues grafisches Software-Tool zum Berechnen von Molekulargewichten von Lipiden



2014
  • Neues Software-Tool: Peptide-Sequenz fragmentieren und mit den experimentellen Daten vergleichen. Auch sehr gut geeignet, ISD-Sequenzierungen (=Sequenzierung ganzer Proteine = Top-Down) zu analysieren (siehe Software-Tools).

  • Neues Software-Tool zum Durchsuchen der installierten Proteindatenbanken (siehe Software-Tools)

  • Neue Gelfiltrationssäulchen (für die Zentrifuge) zum Entsalzen von Proteinen (> 5kDa bzw > 25kDa) verfügbar (4€/Stk)



2013
  • ACHTUNG: Beim Kauf von Proben-Fläschchen ab sofort darauf achten, dass die Septen geschlitzt sind.

  • Die Verwendung von speziellen LoBind-Tubes (ohne Beschichtung) steigerte die Peptid-Wiederfindungsrate um ca. 20%. Die Verwendung dieser Tubes wird deshalb empfohlen. Sie können zum Selbstkostenpreis in kleineren Mengen bei mir erworben werden.

  • Wir empfehlen nach diversen Test die Verwendung von Trypsin (bzw eines Trypsin/LysC Gemischs) eines anderen Herstellers. (siehe unter Methoden). Die Enzyme stehen z.T. zum Selbstkosten-Preis bei mir  zur Verfügung.

  • Zur Zeit werden die Internetseiten neu organisiert

  • Entwicklung eines Tools zum massenspektrischen Nachweis von Cysteinbrücken



2012
  • Etablierung und Erprobung der neuen Geräte



2011
  • Installation der neuen Geräte, 
    Das "alte" HCT Esquire von Bruker von 2004 wird nach 7 Jahren und ca. 30.000 gemessenen Proben still gelegt.